Как уже отмечено, после пожара 1647 года в монастыре сразу же началось каменное строительство: на месте храма XVI века, от которого сохранился цокольный этаж с подвалом под трапезной и северный портал, возведена ныне существующая Богоявленская церковь с 2-мя приделами – Покровским (не позднее 1647 г.) и во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова (не позднее 1779 г.). В одной связи с храмом – трапезная и шатровая колокольня, на которой до начала 1930-х годов было 6 колоколов. В 1763 годов этот храм горел, но поврежден был только иконостас, который в 1848 году удалось восстановить «иждивением рязанского купца Феодора Прокопьевича Филатова».
Академик живописи С. А. Живаго пожертвовал в 1855 году в монастырскую Богоявленскую церковь образ Сретения Господня стоимостью в 400 рублей серебром; в приделе апостола и евангелиста Иоанна Богослова, по левую сторону от Царских врат, пребывал особо чтимый рязанцами образ Пресвятой Богородицы «Утоли моя печали». Эти святыни были утрачены в 1922 году во время изъятия церковных ценностей.
По заказу Министерства культуры Российской Федерации в храме прошли реставрационные работы, которые осуществило «Межобластное научно-реставрационное художественное управление» (АО «МНРХУ»).
Историческое и знаменательное – так можно охарактеризовать событие, вписанное в летопись Рязанской земли 19 января 2025 года, в праздник Крещения Господня. К этому времени завершились реставрационные работы в Богоявленском храме – древнейшей церкви, входящей в ансамбль Спасского монастыря. В ознаменование этой важнейшей вехи процесса возрождения святынь Рязанского кремля митрополит Рязанский и Михайловский Марк совершил чин великого освящения воды именно в Богоявленском храме. Среди рязанцев, которые присутствовали на этом богослужебном последовании, был губернатор Рязанской области Павел Малков. Впервые после долгих лет поругания и запустения в старинных стенах звучали слова церковной молитвы. Престол там еще только предстоит освятить, но символично, что именно в день главного храмового праздника открылась новая страница истории этой святыни.
Согласно церковному уставу не разрешается освящать храм в престольное торжество, поэтому черед этого знаменательного события наступил в день отдания праздника Богоявления, 27 января 2025 года. Освящение престола и затем Божественную литургию в Богоявленском храме совершил митрополит Рязанский и Михайловский Марк.
В настоящее время в Богоявленском храме богослужения совершаются ежедневно.